Controles de RNA sintético customizados e o estudo de co-infecções respiratórias

A pesquisa com vírus respiratórios humanos tornou-se um ponto focal com o advento da pandemia causada pelo SARS-CoV-2. É importante entender a fonte da infecção viral e as consequências das novas mutações no genoma dos vírus.

Os sintomas de pacientes infectados por vírus respiratórios como influenza, rinovírus e coronavírus geralmente se sobrepõem. É fundamental distinguir os agentes infecciosos que causam a doença.

Para atender essa demanda a Twist Bioscience lançou em seu portfólio 15 novos controles sintéticos, dentre os quais um que detecta a mutação D614G, descrita como a mais virulenta do vírus SARS-CoV-21. Os controles cobrem uma ampla variedade de vírus respiratórios humanos com a sequência completa viral, com > 99,9% de cobertura de cada genoma. O controle de qualidade da produção dessas sequências de RNA sintético é baseado na verificação por NGS (Tabela 1).

Um estudo recente publicado na revista Science avaliou a entrada do vírus SARS-CoV-2 no Brasil e o caminho que sua expansão percorreu por todo território. Com base nos dados de sequenciamento, os genomas dessas cepas virais puderam ser divididos em 3 clados. Esse trabalho também realizou um estudo in silico de especificidade de testes diagnósticos voltados para cepas brasileiras com objetivo de identificar problemas na obtenção de resultados em ensaios direcionados a essas cepas.

Tabela 1. Lista dos controles virais já desenvolvidos pela Twist. São fornecidos em volume de 100 µL com concentração de aproximadamente um milhão de cópias por microlitro

O uso de ferramentas computacionais permitiu concluir que os primers recomendados pelo CDC chinês para ensaios de RT-qPCR podem ser menos apropriados para testes de diagnósticos no Brasil. É possível que mutações no genoma do novo corona vírus, que podem ter ocorrido após a sua chegada ao Brasil, se localizam na região de alinhamento de primers. Os autores enfatizam, no entanto, a necessidade de testes experimentais para a validação dessas conclusões2.

A detecção do vírus por meio de painéis de NGS não enfrenta essa limitação identificada em ensaios de RT-qPCR, uma vez que a sequência completa do vírus é avaliada. A empresa Twist oferece soluções para diagnóstico em casos de co-infecções virais com uso de painéis virais específicos e amplos para uma grande variedade de espécies virais. Além disso, o lançamento dos controles positivos para as principais cepas não se limitará às 15 opções do portfólio, como também abre portas para o desenvolvimento de controles sintéticos positivos de cepas exclusivas locais.

As cepas brasileiras podem finalmente ser detectadas em ensaios de NGS com o uso desses controles e os testes de RT-qPCR direcionados para a população brasileira podem ser otimizados. A Twist em parceria com a Molecular Biotecnologia , como distribuidora exclusiva no Brasil de seus produtos, oferece consultoria sem custo para desenho de estratégias e soluções para os projetos de enfrentamento da pandemia no país.

*Thaís Nani é graduada em Ciências Biológicas pela UNIFAL-MG, mestre e doutora em Ciências com ênfase em Genética e Citogenética pela UFLA. Atualmente assessora científica da Molecular Biotecnologia Ltda, representante e distribuidora exclusiva da Twist no Brasil.

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Referências:

1. Eaaswarkhanth M, et al. Could the D614G substitution in the SARS-CoV-2 spike (S) protein be associated with higher COVID-19 mortality? International Journal of Infectious Diseasesv. 96, p. 459-460 (2020).

2. Candido DS, et al. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. Science,  10.1126/science.abd2161 (2020).

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