Importância de testes abrangentes no diagnóstico de síndromes respiratórias

Infecções do trato respiratório podem ocorrer de três a oito vezes por ano. Essas infecções respiratórias podem ser causadas por uma ampla gama de microrganismos. Aproximadamente 80% dos casos são por infecções virais1. Os sintomas iniciais de síndromes gripais são muito comuns, dificultando um diagnóstico precoce e tomadas de decisão mais eficientes.

É um desafio determinar as causas do estresse respiratório em um indivíduo, quando vários patógenos podem ser responsáveis. Em alguns casos, o paciente é afetado por co-infecções, sendo as mais comuns causadas por vírus sincicial e coronavírus2, bem como bocavírus e parainfluenza3.

Em tempos de pandemia causada pelo vírus SARS-CoV-2, o diagnóstico da Covid-19 é dificultado, uma vez que a infecção pode causar uma gama de sintomas que podem variar drasticamente entre os pacientes. É difícil determinar se esses sintomas estão estritamente relacionados ao SARS-CoV-2 ou até mesmo a uma combinação dos dois patógenos simultaneamente. A detecção e identificação de patógenos virais continuam sendo uma grave preocupação global à saúde, agravada pela pandemia da Covid-19.4

Existem vários testes realizados por laboratórios de análises clínicas que são aplicados na detecção de patógenos, dentre eles um dos ensaios mais utilizados é o de RT-qPCR. Em geral, o experimento é desenhado para a detecção de um alvo em ensaios singlepex ou mais alvos em ensaios multiplex de um ou mais patógenos. A estratégia do laboratório também pode utilizar outras técnicas, como sequenciamento por Sanger, imunocromatografia, imunoabsorção enzimática, entre outros, mas todos se limitam na identificação de um número pequeno de alvos por experimento.

Para suprir essa demanda de testes mais abrangentes a Twist Bioscience acaba de lançar um painel respiratório para análises por meio de Sequenciamento de Nova Geração – NGS, projetado com informações do genoma completo de diferentes tipos virais, portanto apresenta potencial para identificar, detectar, caracterizar e monitorar a presença de 29 vírus respiratórios humanos mais comuns em uma única amostra, incluindo coronavírus (CoV), vírus influenza, adenovírus, bocavírus (hBoV), enterovírus, metapneumovírus, parainfluenza (hPIV), rinovírus humano (HRV), sarampo morbillivírus (MeV), vírus da caxumba (MuV), vírus da rubéola e vírus sincicial respiratório (RSV) (Figura 1).

O painel apresenta sondas que cobrem todo o genoma de cada espécie viral, além de sondas adicionais para ampliar o poder de detecção do painel em 77 cepas de rinovírus e abranger os diversos genomas que caracterizaram os surtos de influenza A e B desde o ano 2000 (Tabela 1).4

O uso desse painel possibilita a obtenção de dados com profundidade de mais de 5000x (chegando até a 20.000x) para todos os vírus testados, além de cobertura de > 99,9% dos genomas, mesmo em amostras desafiadoras com apenas 100 cópias.4

Figura 1. Árvore taxonômica dos vírus que estão cobertos pelo painel da Twist, abrangendo os principais clados virais respiratórios (Reproduzido de Twist Bioscience Adds Respiratory Virus Panel to Infectious Disease Product Line, 2020(4).

Tabela 1. Panorama geral do painel respiratório da Twist por NGS

 

De acordo com Emily M. Leproust, Ph.D., CEO e cofundadora da Twist Bioscience, “ao oferecer um painel respiratório abrangente, com a capacidade de detectar e caracterizar uma ampla variedade de vírus, este ensaio fornece uma ferramenta importante que se encaixa em vários fluxos de trabalho, para identificar e pesquisar adequadamente o vírus que está causando a infecção ou co-infecção. É importante ressaltar que este painel também pode ser usado para pesquisar populações, quanto a sinais precoces de surto, transmissão viral e evolução, para melhorar a resposta à saúde pública.”4

*Sobre a autora:

Thaís Nani é graduada em Ciências Biológicas pela UNIFAL-MG, mestre e doutora em Ciências com ênfase em Genética e Citogenética pela UFLA. Atualmente assessora científica da Molecular Biotecnologia, representante e distribuidora exclusiva da Twist no Brasil.

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Referências bibliográficas:

1. Makela, JM et al. Viruses and Bacteria in the Etiology of the Common Cold. Journal of Clinical Microbiology, Feb. 1998, p. 539–542.

2. Martin, ET et al. Multiple versus single virus respiratory infections: viral load and clinical disease severity in hospitalized children. Influenza and Other Respiratory Viruses, 6, 71–77, 2011.

3. Zhang, G et al. High Incidence of Multiple Viral Infections Identified in Upper Respiratory Tract Infected Children under Three Years of Age in Shanghai, China. Three Years of Age in Shanghai, China. PLoS ONE 7(9): e44568.  September 7, 2012.

4. Twist Bioscience Corporation. Twist Bioscience Adds Respiratory Virus Panel to Infectious Disease Product Line, June 30, 2020.

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